至今，四極質(zhì)譜儀與其它質(zhì)譜儀相比較，仍然是應(yīng)用廣泛LC/APIMS儀器。單級(jí)四極質(zhì)譜儀的主要優(yōu)點(diǎn)是相對(duì)可靠、優(yōu)良的性能價(jià)格比。適合于定性、定量分析。四極質(zhì)譜儀主要缺點(diǎn)是得到的是低分辨質(zhì)譜，只有在測(cè)定的成分是純的且沒(méi)有化學(xué)背景雜質(zhì)與之重疊時(shí)，才有可能測(cè)定準(zhǔn)確質(zhì)量。
用單級(jí)四極質(zhì)譜儀作定量分析采用選擇離子監(jiān)測(cè)(selected ion monito-ring, SIM). 檢測(cè)限取決于能否將目標(biāo)化合物與樣品中的其它成分(包括背景干擾)加以區(qū)別。雖然單級(jí)四極質(zhì)譜儀沒(méi)有MS/MS功能，但用源內(nèi)CID具有使離子誘導(dǎo)裂解的“準(zhǔn)MS/MS"功能。
如果需要MS/MS功能以進(jìn)行化合物結(jié)構(gòu)分析或用選擇反應(yīng)監(jiān)測(cè)(select-ed ion reaction monitoring, SRM) 以提高選擇性及定量分析檢測(cè)限，應(yīng)采用三重串聯(lián)四極質(zhì)譜儀(triple quadrupole mass spectrometer, TQMS)。 至今，用LC/ESIMS進(jìn)行復(fù)雜成分的定量分析時(shí)，如藥物代謝動(dòng)力學(xué)研究，TQMS仍然是的儀器。
TQMS具有多種MS/MS功能，除上述產(chǎn)物離子掃描外，還有前體離子掃描和恒定中性丟失掃描。TQMS的CID是低能過(guò)程，能量在10~ 1eV范圍。因?yàn)榈湍蹸ID對(duì)操作條件較敏感，故不同的儀器所得的產(chǎn)物離子質(zhì)譜的重現(xiàn)性較差。但是，與離子阱質(zhì)諧所得的產(chǎn)物離子光譜比較，較少發(fā)生重排和離子-分子反應(yīng)產(chǎn)生的(假象)。
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